Gentera Data Processing Engine (GDPE)

GDPE, Gentera Biyoteknoloji tarafından 2015 yılında geliştirilmiştir. Klinisyenler, moleküler biyologlar, bilgisayar mühendisleri ve istatistik uzmanlarından oluşan ekip, tam zamanlı olarak çalışmalarda görev almıştır. Yeni nesil dizileme sistemlerinden üretilen verilerin biyoinformatik analizleri, GDPE ile tam otomatize gerçekleştirilmektedir. 

 

Bu sistem, hızlı sonuç alma, minimum hata ve maksimum veri güvenliği göz önüne alınarak, rutin genetik tanı hizmeti veren kurumlar için dizayn edilmiştir.  Illumina, Roche ve Ion Torrent NGS platformları ile uyumludur.

Çalışma Yöntemi

GDPE, Client Server mantığı ile çalışan bir sistemdir. Windows tabanlı bir bilgisayar üzerinden sunucuya erişim izni verilir. Bu izin ile çalıştırılabilen program, veri analizi konusunda kullanıcıyı yönlendirir. Cihazdan alınan ham veri ve laboratuvar kayıtlarından elde edilen Sample Sheet dosyası, Windows tabanlı bilgisayar üzerine program tarafından otomatik oluşturulan klasörlerin içerisine kopyalanır. Program üzerindeki yönergeler takip edilerek veri analizi tamamlanır. Program tarafından, analiz çıktıları Windows bilgisayar üzerine kopyalanır ve sunucu üzerindeki veriler silinir. İstenilen sayıda kullanıcının bilgisayarına kurulabilecek olan bu program, ekip çalışmaları için uygundur. 

Sistem Özellikleri

  1. Linux tabanlı işletim sistemi

  2. Windows üzerinden erişim

  3. İstenilen sayıda kullanıcı

  4. İnsan hatasını sıfıra indiren, kullanıcı dostu program arayüzü

  5. Veri aktarım operasyonlarının otomatizasyonu

  6. Cihazdan çıkan ham veriden (Bcl), fastq, sam, bam ve vcf veri dönüşümleri

  7. Veri görselleştirme

  8. Çalışma sonucunda vcf dosyasında elde edilen varyasyonların dbSNP ve ClinVar veritabanlarıyla annotasyonu

  9. SIFT, PolyPhen ve MutationTaster algoritmaları ile mutasyon değerlendirmeleri

  10. 1000Genomes, ExAC, ESP6500 veritabanlarından allel frekans tayini 

  11. Amplikon dizilemede ortalama 3, ekzom dizilemede ortalama 16 saatte sonuç

  12. Yazılım ve donanımsal hata ve çökmelere karşı yedeklerden (backup) geri dönülmesi