Mikroarray Analizi Hakkında Herşey
Birçok türün tüm genom dizilerinin ortaya çıkarılması ile birlikte, mikroarray analizleri ile genom profillendirme yapılarak hücre, doku ve hastalık düzeyinde birçok diagnostik etkenin araştırılması sağlanmaktadır.
Mikroarray, “çip” olarak adlandırılan cam veya nitroselüloz membran gibi yüzeyler üzerine tutturulan tür ve gen spesifik probların DNA ve RNA çalışmalarında kullanıldığı teknolojidir. Bu sayede kısa sürede ve yüksek hassasiyette çip üzerine işlenmiş tüm probların floresan ışıma değerlerine göre çalışılan numuneye ait yapısal detaylar araştırılabilmektedir [1].
Mikroarray teknolojisinden, moleküler genetikte DNA, RNA ve metilasyon analizlerinde yararlanılmaktadır. Başlangıç materyali DNA olacak şekilde tek nükleotit polimorfizmi, moleküler karyotipleme, bağlantı analizi (linkage analysis) ve genom boyu ilişkilendirme çalışmalarını (GWAS) gerçekleştirmek mümkündür. Gen ekspresyon analizlerinde ise RNA materyali ile cDNA veya cRNA dönüşümleri tamamlanarak hedef-kontrol karşılaştırmaları yapılmaktadır[2]. Ayrıca ilgili veritabanlarından alınan prob içerikleri ile birlikte miRNA’ların array platformunda çalışılması da mümkün hale gelmiştir. Metilasyon Array analizlerinde ise genom boyu yerleştirilmiş yüzbinlerce CpG probları ile epigenetik araştırmalar yapılabilmektedir [3].
Mikroarray uygulamaları, günümüzde yaygın olarak Illumina, Agilent ve Affymetrix platformlarında gerçekleştirilmektedir. Illumina mikroarray çipleri “bead” teknolojisi kullanılarak üretilmiştir ve InfiniumHD, Direct Hybridization gibi çeşitli kimyasal yöntemler ile çalışmaktadır. Illumina’nın sağladığı SNP çip ve metilasyon çip teknolojilerinde her bir proba ait 30 adet kopyanın bir kuyuda yer alması ile çalışmanın hassasiyeti arttırılmıştır [4]. Agilent mikroarray çipleri “Sureprint” ve “Surescan” teknolojileri ile üretilmektedir ve bir çok organizmaya özgü SNP ve ekspresyon çipleri bulunmaktadır [5]. Affymetrix ise “Genechip” teknolojisi ile uzun süredir mikroarray çip üretimini ve hizmet sağlayıcılığını çeşitli ürünleri ile sürdürmektedir [6].
Klasik teknikler arasında yerini almaya başlayan mikroarray teknolojisinin kullanımında ve analizinde, Gentera Biyoteknoloji olarak size en uygun platform, çip ve materyal seçiminde yardımcı olmaktayız. Mikroarray tabanlı projelerinizde şartlarınıza en uygun dizaynı yapıyor ve çalışmanızın başlangıcından sonuna kadar çözümler üretiyoruz.
Referanslar
Barbulovic-Nad, I., M. Lucente, et al. (2006). "Bio-microarray fabrication techniques--a review." Crit Rev Biotechnol 26(4): 237-259
Gitan, R. S., H. Shi, et al. (2002). "Methylation-specific oligonucleotide microarray: a new potential for high-throughput methylation analysis." Genome Res 12(1): 158-164
