Genom Boyu İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS)


Genom boyu ilişkilendirme analizi; herhangi bir özellik veya hastalık ile ilişkili tek nükleotit değişimleri, fonksiyonel bölgeler ve genom üzerinde çeşitli değişimler ortaya çıkarmıştır. Yeni nesil genetik teknolojilerin yaygınlaşmasıyla birlikte bu çalışmalar, binlerce örneklem grubu üzerinden istatistiksel anlamlılık oluşturacak ve tanı/tedavi sürecinde daha detaylı bilgi elde edilmesini sağlayan bir duruma gelmiştir.

Genom Boyu İlişkilendirme Analizleri (Genome Wide Association StudiesGWAS veya GWA), temel olarak çok örnekli grupların karşılaştırılarak (hedef – kontrol) hedef grubuna ait farklı genetik özelliklerin keşif çalışmalarıdır.

GWAS çalışmalarında genellikle iki örnek grubu bulunmaktadır;

1. Hedef Grubu: Herhangi bir özelliğe veya hastalığa sahip grup

2. Kontrol grubu: Hedef grubundaki özelliği veya hastalığı içermeyen grup

GWAS analizi için örnek sayılarının ve aynı gruptaki örneklerin seçimi çok önemlidir. Örnek sayısı, çalışmanın türüne, grupların özelliklerine, yaş, cinsiyet, kilo, lokasyon gibi faktörlere bağlı olarak değişkenlik gösterir. Bunun dışında, aynı gruptaki örneklerin belirtilen özellikler bakımından homojen olması gerekmektedir.

Gentera Biyoteknoloji olarak, yeni nesil dizileme ve mikroarray platformlarında GWAS analizleri sunmaktayız. Fikirleriniz doğrultusunda sizin için en uygun platform ve yöntemi sağlayarak interaktif bir şekilde biyoinformatik analizlerinizi tamamlıyoruz. GWAS için önerdiğimiz platformlar ve ürünler şu şekildedir;

DNA Mikroarray Platformları

Illumina SNP Array (300K, 700K, 1M ve 2,5M)

Affymetrix Human SNP Array 6.0

Agilent Genotyping Array (180K, 400K ve 1M)

Yeni Nesil Dizileme Platformları

Illumina Tüm Genom Dizileme

Illumina Hedef Bölge Dizileme

GWAS analiz hizmetimizdeki analiz akışı aşağıdaki gibidir;

Genotipleme

Verilerin Kalite Kontrolü

Genotiplendirme istatistiklerine göre filtreleme

Yakınlık ilişkilendirmesi

Cinsiyet tayini

SNP Filtreleme

Bağlantı dengesizliği (Linkage disequilibrium – LD)

Tüm Genom İlişkilendirme Analizi

Hedef – Kontrol karşılaştırması

Q-Q grafik gösterimi

Manhttan plot gösterimi

SNP dağılım tablosu

Örnek Kabul Koşullarımız

GWAS analizlerinde gDNA örnekleri kabul etmekteyiz. Örneklerin kalite ve miktar değerleri, çalışmalarınız sonucunda elde edeceğiniz verilere direkt etki eder. Biz çalışmalarımız için 25 µl hacminde ve minimum 50 ng/µl konsantrasyonunda DNA örnekleri kullanmaktayız. DNA absorbans değerleri A260/280 için 1,8-2,0 aralığında ve A260/230 için 2,0’den yüksek olmalıdır.

Anasayfa


Tanıtılan Yazılar
Son Paylaşımlar
Arşiv

Gentera Biyoteknoloji Limited Company

DAP Z  249 numara Merkez M. Seçkin S. No:2-4A

Kağıthane İstanbul

T: +90 212 632 3025 | bilgi@gentera.com.tr

© 2019 by Gentera Biotechnology Company, All rights reserved.