Ekzom Dizileme Analizleri


Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi, hem araştırma, hem de tanıda ve günümüzde dünya genelinde en sık kullanılan bir yöntemi ortaya çıkarmıştır; ekzom dizileme. Yaklaşık 3,5 Gb olan insan genomunda ekzom yalnızca %2’den daha küçük bir yer tutmaktadır. Ekzom dizilemede temel olarak genomdaki kodlayan ekzonların ve kullanılan kütüphane hazırlama kitine göre UTR’ların (Untranslated region – kodlanmayan ekzonik bölge) dizileme işlemleri gerçekleştirilir.

Neden Ekzom Dizileme??

Peki, yeni nesil dizileme ile insan genomunun tamamı dizilenebilmesine rağmen neden ekzom dizileme bu kadar önemli ve yaygın?

Fiyat/Fayda:

Ekzom dizileme şu anda maliyet olarak tüm genom dizilemenin yaklaşık 1/3’ üne tekabül ediyor. Ayrıca, bugüne kadar tespit edilerek dbSNP veritabanında onaylanan hastalık ilişkili varyasyonların %85’ine yakını ekzonik bölgelerde bulunuyor.

Veri boyutu: Tüm genom dizileme sonucu elde edilen veri ekzomdan çok daha büyük ve bu veri içerisinden araştırılmak istenen varyantların tespiti çok daha uzun zaman alabiliyor.

Tanıda kullanım: Genetik altyapısı bulunan birçok hastalık ile ilişkilendirilmiş DNA varyasyonları bilinmekle birlikte, henüz tanımlanmamış veya tamamen onaylanmamış birçok varyant çeşitli hastalıklarda önemli olabilmektedir. Tanısı konulamayan hastalıklarda tüm ekzonların taranarak o hastalığa özgü varyasyonların bulunması ekzom dizileme ile mümkündür.

Ekzom dizileme nasıl gerçekleşir??

Ekzom dizileme kitleri, kütüphane hazırlığının başında gDNA kullanılmasını önerir. Kullanılan kit protokolüne göre değişmekle birlikte temel olarak yapılan işlemler sırasıyla aşağıdaki gibidir;

Genomik DNA’nın fragmantasyonu ve adaptör dizilerin takılması

Fragmante DNA’nın amplifikasyonu

DNA Hibridizasyonu ve Yakalama (Capture)

Hibridize DNA’nın amplifikasyonu

Kütüphane Validasyonu

Hazırlanan DNA kütüphanesi, dizileme cihazına yüklenerek dizileme işlemi gerçekleşir. Elde edilen veri ile varyant analizleri, bağlantı analizleri ve GWAS (Genom Boyu İlişkilendirme Analizleri) gibi çeşitli analizler yapılabilir.

Dizileme Cihazından Çıkan Veri Ne Anlama Geliyor??

Ekzom dizileme sonucunda elde edilen veri, ham veri halindedir ve varyasyonların listelenmesi veya diğer analizler için bir dizi dosya çevrimi ve biyoinformatik analizin yapılması gerekmektedir. Kısaca belirtmek g

erekirse, cihazdan çıkan veriye aşağıdaki işlemler sırasıyla uygulanır.

Base calling ve floresan okuma analizleri

Adaptör dizilerin çıkarılması (Trimming)

Verilerin kalite kontrolü

Referans genoma haritalama

SNP listelenmesi / Ek analizler

GENTERA bize ekzom dizilemede nasıl yardımcı olabilir??

GENTERA Biyoteknoloji olarak diğer hizmetlerimizdeki gibi ekzom dizilemede de çalışmanızın başından sonuna kadar her noktada destek sağlıyoruz. Deney dizaynı, örneklerin hazırlanması, dizileme, biyoinformatik analiz ve yorumlama aşamalarında sizinle çalışmaktan mutluluk duyacağız.

Anasayfa


Tanıtılan Yazılar
Son Paylaşımlar
Arşiv

Gentera Biyoteknoloji Limited Company

DAP Z  249 numara Merkez M. Seçkin S. No:2-4A

Kağıthane İstanbul

T: +90 212 632 3025 | bilgi@gentera.com.tr

© 2019 by Gentera Biotechnology Company, All rights reserved.