© 2017 by Gentera Biotechnology Company, All rights reserved.

Gentera Biyoteknoloji Limited Şirketi

DAP Z Ofis 249 numara Merkez M. Seçkin S. No:2-4A

Kağıthane İstanbul

T: 212 632 3025 | bilgi@gentera.com.tr

September 20, 2017

September 11, 2016

February 13, 2016

Please reload

Son Paylaşımlar

Adenomatus Polipozis (FAP) Genetik Testi

September 20, 2017

1/5
Please reload

Tanıtılan Yazılar

Yeni Nesil Amplikon Dizileme

February 28, 2016

 ​Yeni Nesil Amplikon dizileme,  istenen DNA bölgesinin amplifikasyonu sonrasında yeni nesil dizileme cihazları ile amplifiye edilen DNA dizisinin çıkarılmasıdır.

 

Amplikon Nedir??

Amplikon, belirli bir uzunlukta DNA veya RNA parçasının amplifikasyonlar sonrasında oluşturduğu üründür. En sık kullanılan şekli ise PCR ile istenen bölgenin çoğaltılmasıdır.

 

Yeni Nesil Amplikon Dizileme Nasıl Çalışır?

Yeni nesil amplikon dizileme sisteminde 2 farklı amplifikasyon sistemi kullanılmaktadır:

 

1. Primer dizaynı – PCR amplifikasyonu – Dizileme

Dizilenmek istenen bölgeye spesifik primerler dizayn edilerek PCR amplifikasyonu yapılır. Fragmentasyon ve indexleme ile PCR ürünü kesilerek barkodlanır. DNA kütüphanesi tamamlanarak yeni nesil dizileme cihazına sunulur.

 

2. Hedef prob dizaynı – PCR amplifikasyonu – Dizileme

Bölgeye spesifik problar ile DNA parçaları yakalanarak (capturing) amplifiye edilir. Fragmentasyon ve indexleme ile PCR ürünü kesilerek barkodlanır. DNA kütüphanesi tamamlanarak yeni nesil dizileme cihazına sunulur.

 

Yeni nesil dizileme sistemleri genellikle tagmentasyon metodu ile kütüphane hazırlığını içerir. Tagmentasyon aşamasında PCR ürünleri fragmentasyonla belirli uzunluğa getirilerek her iki tarafından adaptör diziler ile işaretlenir. Fragmentasyon enzimatik veya sonikasyon ile olabilir.

 

 

 

Yeni Nesil Amplikon Dizileme vs Sanger (Kapiller) Dizileme

Nerede yeni nesil amplikon dizileme, nerede Sanger dizileme tercih edilmelidir? Yeni nesil amplikon dizileme çok sayıda uzun amplikonların bir arada dizilenmesi için oldukça uygundur. Havuz (pooling) yöntemi ile bir DNA örneğine ait çok sayıda farklı amplikonu aynı tüpte ve bunun gibi 96’ya kadar DNA örneğini tek seferde dizileyebilirsiniz. Ayrıca Long PCR kitleri ile tek tüpte amplifiye ettiğiniz amplikonu (20.000 bp’ye kadar) bu havuz içerisinde kullanabilirsiniz. Sanger dizileme ise az sayıda amplikon için 100-1.200 bp arası PCR ürünlerinin dizilenmesi için uygun bir yöntemdir.

 

Yeni Nesil Amplikon Dizileme Nerelerde Kullanılır??

Tüm gen dizilenmesinde, gene ait ekzonların dizilenmesinde, gen panellerinde (tümör paneli, kardiyoloji penli, otizm paneli gibi) ve uzun amplikonların dizilenmesinde tercih edilir.

 

Dizileme Cihazından Çıkan Veri Ne Anlama Geliyor??

Amplikon dizileme sonucunda elde edilen veri, ham veri halindedir ve varyasyonların listelenmesi veya diğer analizler için bir dizi dosya çevrimi ve biyoinformatik analizin yapılması gerekmektedir. Kısaca belirtmek gerekirse, cihazdan çıkan veriye aşağıdaki işlemler sırasıyla uygulanır.

Base calling ve floresan okuma analizleri

Adaptör dizilerin çıkarılması (Trimming)

Verilerin kalite kontrolü

Referans genoma haritalama

SNP listelenmesi / Ek analizler

 

GENTERA Bize Yeni Nesil Amplikon Dizilemede Nasıl Yardımcı Olabilir??

 

GENTERA Biyoteknoloji, proje dizaynınızdan yayınınıza kadar sizin için en iyi partnerdir. Bize dizilenmesini istediğiniz bölgeleri belirtin, biz size çalışmaya hazır panelimizi sunalım. Çalışmayı gerçekleştirip, sizin istediğiniz formatta analizleri tamamlayarak, size en uygun sonucu hazırlayalım. Test listemizi bağlantıda bulabilirsiniz.

 

Referanslar

 

1. Illumina Nextera XT User Guide

 

2. Nextera XT Data Sheet

 

Anasayfa

 

 

Please reload

Please reload

Arşiv